Skolas celtniecības darbi sākti 1965. gadā. 1967. gada 1. septembrī mācības Rīgas 39. vidusskolā uzsāk 1369 skolēni un strādā 55 skolotāji. Darbs notika 2 maiņās un 2 plūsmās.
1970. gadā no skolas aizgāja krievu plūsma. 1977. gadā Rīgas 39. vidusskola tika pārsaukta vācu rakstnieka Kurta Bartela vārdā. 1984. gadā skolā tiek izveidotas klases, kas pastiprināti apgūst vācu valodu.
1985. gadā skola sāk sadarboties ar Rostokas 23. vidusskolu un K. Bartela vidusskolu Bincā, Vācijā. 1987. gadā skolā tiek uzbūvēta klinšu kāpšanas siena.
Juglas vidusskola
1989. gadā skola sāk sadarboties ar Sonthofenas ģimnāziju Vācijā un Alavus ģimnāziju Somijā un Hellerup ģimnāziju Kopenhāgenā, Dānijā. 1989. gadā tiek izveidotas arī klases, kas pastiprināti apgūst angļu valodu.
1991. gadā skolu pārsauc par Rīgas Juglas ģimnāziju. 2001. gadā skola tiek pārsaukta par Rīgas Juglas vidusskolu. 1992. gadā 1.–2. klase mācības uzsāk atsevišķā skolas ēkā, Juglas ielā 27a. Vidusskolas pamatadrese ir Kvēles iela 64.
2016. gadā 1. septembrī jeb Juglas vidusskolas teritorijā Kvēles ielā 64 tika atklāts jauns sporta stadions un futbola laukums ar skrejceļiem. Teritorijā ir ierīkots arī laukums strītbola spēlei, vingrošanai, basketbolam, fiziskām aktivitātēm un rotaļām.
