Sv. Marijas Magdalēnas baznīca Foto: J. Sedols

Pirmā sv. Marijas Magdalēnas koka baznīca celta ap 1260. gadu Rīgas arhibīskapa Alberta II valdīšanas laikā kā cisterciešu sieviešu ordeņa klosterbaznīca. Klostera priekšniece Magdalēna ziedoja līdzekļus baznīcas celšanai.

Baznīca bija celta cisterciešu stilā, vienkāršā iekšējā un ārējā veidojumā. Cistercieši bija izveidojuši saviem dievnamiem īpašu stilu. Baznīcām nedrīkstēja būt ne krāsaini logi, ne skulptūras, lai netraucētu iekšējo sakopojumu. Arī tornis parasti bija viens, neliels, ar vienu nelielu zvanu. Spriežot pēc seniem zīmējumiem, arī sv. Marijas Magdalēnas mūra baznīca tika celta šajā vienkāršajā stilā, ar vienu nelielu torni (Sv. Jēkaba baznīcas pusē). Sākumā tā ir bijusi īsāka un šaurāka, apmēram pašreizējās vidusnavas lielumā bez prezbitērija un priekštelpas.

Sv. Marijas Magdalēnas katoļu baznīcas tornis Avots: http://foto.eks.lv

14. un 15.gs. baznīca tika paplašināta, izveidojot baznīcas sānu ārsienās piecas arku ailes un, piebūvējot sānu jomus, kā arī otro stāvu, kur virs sānu jomiem tika ierīkotas kapelas, savukārt, vidusjomā izveidoti augstāki griesti, bet zem baznīcas iebūvēts pagrabs mirušo apbedīšanai. Pēc kāda laika tika piebūvēts arī prezbitērijs.

1591. gadā - Jezuītu ordeņa kalpošanas laikā Sv. Marijas Magdalēnas baznīcā tika izdarīti liela mēroga remonti: ielikti jauni logi, parādījās jauni gleznojumi.

Krievijas caram Pēterim I iebrūkot Rīgā 1710. gadā, tā nodega. No dievnama palika pāri tikai mūri. Pēteris I pavēlēja Sv. Marijas Magdalēnas baznīcu atjaunot un nodot pareizticīgajiem. Baznīca tika pārsaukta par „Церква Алексия человека Божья”. Vairākas reizes baznīca tika pārbūvēta, 1749. gadā notika galvenā pārbūve. 1760. gadā Pleskavas pareizticīgo bīskaps atļāva tajā ierīkot divas kapelas – vienu Rostovas Dimitrija, otru – Sv. Nikolaja Brīnumdarītāja godam. Lielajā pārbūvē tornis baznīcas austrumu pusē tika nojaukts un piebūvēts rietumu pusē (virs baznīcas priekštelpas). 1899. gadā pareizticīgie izveidoja šo torni par vienu stāvu augstāku. Pie baznīcas tika nodibināts pareizticīgo vīriešu klosteris. Neskatoties uz visām pārbūvēm, no vecās katoļu baznīcas bija palikušas divas pilāru rindas, gotiskie logi un velves kora telpā.

Sv. Marijas Magdalēnas katoļu baznīca Avots: http://www.catholic.lv/

1922. gada 30. maijā Saeima nolēma Sv. Marijas Magdalēnas baznīcas nodot katoļu konfesijai, tieši kā katoļu bīskapa rezidences vietu.

No 1924. līdz 1939. gadam pēc arhitekta Medlinga projekta notika baznīcas pārbūves un piemērošanas darbi atbilstoši katoļu kulta vajadzībām. Pareizticīgo baznīcas laikā piebūvētais torņa jaunais stāvs tika nojaukts, jo bija sācis plaisāt. Torņa smaile miniatūrā tika izveidota pēc Sv. Jēkaba katedrāles torņa parauga. 20.gs. 30 – tajos gados baznīcā tika iemūrēts galvenais altāris.